Kein E28 - selbes Problem (Allgemein)
Ich habe ähnliche Erfahrungen mal mit Geräuschen gemacht, die eindeutig aus dem Getriebe kamen: Sporadisches Heulen, unabhängig vom eingelegten Gang. Ein Tausch des Motors(!) brachte "versehentlich" und dauerhaft Abhilfe.
Was ich damit sagen will: Offenbar können minimale Änderungen der Passung am Getriebeeingang und -ausgang erstaunliche Folgen haben.
Wenn das Wummern/Schwingen vom Kardan kommt (wovon ja auszugehen ist), würde ich nicht nur (wie Eric schon schrieb) das Getriebelager, sondern auch nochmal penibel das Mittellager prüfen und ggf. mittels Unterlegscheiben oder gefühlvollen Hammerschlägen in der Höhe anpassen.
Gruß
Rainer